投标保函办理手续费（银行保函）得根据办理方式来定，如果企业自己去银行办理，交全额保证金，然后按照季度交手续费，大概在几百块不等，还有一种方式是通过占用第三方担保公司在银行的额度出的保函（分离式保函），这种保函跟企业自己去出保函效果一样，出的保函上不体现担保公司，只体现受益人、申请企业、项目名称、保函金额和期限等信息，这种费用也是几百块，但是不用交保证金。
二、占用担保公司在银行的额度出保函
（1）提供的资料仅仅只有：招标文件电子版、营业执照电子版。
（2）担保公司根据招标文件要求，做保函的格式，然后给申请企业确认。
（3）格式没问题，交手续费（几百块）给到担保公司。
（4）担保公司提交银行，等着出保函，快的话，当天就出保函，慢的话，隔天出保函。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
商业保函与银行保函有什么区别？
1、信用不同：银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
2、用途不同：银行保函多用于国际贸易，国内会比较少，属于国际担保业务，而商业保函多用于国内国家。
3、商业保函相对于银行保函要简单上许多，其不需要准备太多的资料，而且办理速度快，费用也比较低。
4、商业保函的格式条款相对于会灵活一些，而银行保函的格式就会比较严谨，不能随意更改。