北京协和医院风湿免疫科科室承担或参与完成了数十项国家和部委的科研课题，主持和参与众多国际、国内多中心临床研究以及高质量单中心临床研究，发表数百篇SCI收录论文，主持制定多项风湿免疫病领域临床诊断和指南，先后获得12项国家及省部级奖励，包括3项国家科技进步奖，出版学术专著多部。为开展具有管理科学、规范的、符合国际一 流水平的全国大规模多中心自身免疫病临床研究奠定了坚实的基础。
今天的北京协和医院风湿免疫科，是医疗、教学、科研齐头并进的科室典范，连续12年蝉联复旦版《中国医院专科声誉排行榜》风湿专科榜首，连续9年在《中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）》风湿病学与自体免疫病学中排名第 一，是中国风湿病学领域当之无愧的“领头羊”。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。
重视科研是协和风湿免疫科的传统。科室1979年起就率先在全国进行自身抗体检测的研究。1988年，“抗核抗体谱的建立及临床应用研究”获国家科技进步三等奖；1995年，“原发性干燥综合征的系列研究”获国家科技进步三等奖；近年来，获北京市科学技术奖、中华医学科技奖、华夏医学科技奖等省部级奖项共计13项。