珍珠奶茶一般使用较大颗粒的粉圆，烹煮后的直径约在7毫米以上，否则直径太小时很容易满嘴珍珠，也不方便吞咽咀嚼。但大多数的珍珠奶茶商家仍有提供小颗粉圆的珍珠。当然也有一种“琥珀珍珠”这种珍珠是用的红糖来做的。

珍珠奶茶使用的“珍珠”，是由地瓜粉(南方说法，即淀粉)制作而成的粉圆，而粉圆在加入奶茶之前，通常还会先浸泡糖浆，确保粉圆在偏甜的奶茶中，仍可以保持甜味。奶茶的基底通常使用红茶，但也有店家提供使用绿茶的珍珠奶茶(称为珍珠绿奶或珍珠奶绿)。也有许多店家以咖啡冻、豆花、布丁、仙草、等类似口感的食物添加进奶茶里，让客人自由选择以增加口感。

在台湾，珍珠奶茶是具有相当的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以复合式经营，不单只提供红茶、绿茶、奶茶、咖啡等饮料，还有各式各样能代表各店特色的“特调饮料”，而一些常客也会创造出自己专属的口味。

调味茶：梅子（酸梅）：梅子乌龙茶、梅子红茶、梅子绿茶等。养乐多：养乐多红茶、养乐多绿茶等。

调酒材料（如薄菏糖浆、石榴糖浆等）：薄菏绿茶、石榴红茶等。

各式花茶：可单独贩售或加入奶茶，如薰衣草奶茶。

加入的材料：珍珠：即粉圆，有分大颗（波霸）及小颗。龙珠：亦称“包心粉圆”，加入一颗完整的红豆于珍珠的核心中，直径10mm以上，有“外软心脆”的口感。

椰果：如椰果红茶、椰果绿茶、椰果奶茶等。